Tem como fazer para q ele só crie ícone no Meni Iniciar e não na área de trabalho? aonde seria o melhor lugar para guardar esse arquivo do utorrent? devo colocá-lo em alguma pasta?

pode guardar o arquivo torrent onde entender que fica melhor...isso depende da organização que pretende para o seu computador...mas atenção, depois de abrir o arquivo torrent com o utorrent nao convem mudar mais de lugar...

Tem como fazer para q ele só crie um ícone no menu iniciar e não na área de trabalho?

pode simplesmete cortar o icon que se encontra no ambiente de trabalho e colar na seguinte diretoria

C:\Documents and Settings\All Users\Menu Iniciar\Programas

Como assim? pegar o ícone q ficou na área de trabalho e jogar no menu iniciar? me explique melhor isso por favor pq queria deixar ícones dele em qualquer outro lugar menos a área de trabalho.

Simplesmente arraste para o menu iniciar.
Se continuar no ambiente de trabalho recorra á velha tecla DELETE.

PS: tente fazer o que lhe sugerem antes de postar, poupa trabalho a nós e a si.

Alguém sabe se quando agente "instala" o utorrent ele cria alguma pasta em Arquivos de programas com o nome utorrent para colocar o instalador dentro? o q ele cria?

Ele cria rigorosamente NADA, se for o stand-alone (programa sem instalação).
Se quiser pode criar uma pasta nos programas, mas não é necessário.